Данная тема описывает различные организации различных скрытых деревень, требования для вступления в них и ограничения на игру будучи их членами.

✦ Вступление в организацию не нуждается в каком-то отдельном эпизоде и отыгрыше(игроки могут по желанию отыгрывать такое для своей истории), однако для вступления требуется одобрение администрации.

✦ Если из организации возможен добровольный выход, игрок может покинуть ее, однако происходить это должно лишь при смене игрового времени на форуме (таймскип).

✦ Игроки - нукенины могут создавать свои организации по своему желанию. Новые организации будут добавлены в эту тему. Присоединение к таким организациям может быть как добровольным, так и с помощью силы.

✦ Влиятельные персонажи могут создавать свои команды и организации внутри деревни. Подобные организации сначала согласовываются с администрацией.

✦ Если две или более деревни ниндзя имеют друг с другом союз, они могут создать международную организацию. Ее цели, задачи и возможность создания точно так же согласовываются с администрацией.

✦ Любое создание организации должно быть отыграно в сюжетной игре персонажа(ей).

✦ В каждой организации имеется ограниченное число мест для вступления:

АНБУ: 6 человек на каждую из деревень
Команда допроса и пыток: 3 человека
Барьерная команда (поддерживающие барьер): 2 человека
Барьерная команда (группа быстрого реагирования): 4 человека
Корень: численность и состав под секретом
Медицинский отряд: без ограничений в каждой из деревень
Полиция: 4 человека (две пары)
Ойнины: 4 человека (две пары)